熊本縣擁有豐富的溫泉資源，從市中心到阿蘇山麓的南小國町，都能找到適合的溫泉酒店。若想節省交通時間，可選擇位於熊本市區的Dormy Inn熊本天然溫泉，距離熊本城僅800公尺，提供完善的桑拿與公共浴池，雙人房每晚約台幣3,000元起。若追求更深層的放鬆，則可前往南小國溫泉區的湯鄉之響湧彩（Yukyo no Hibiki Yusai），這間日式旅館以92分的住客評價著稱，提供露天風呂與家庭房，並附贈豐盛的日式早餐與晚餐，適合家庭旅客或重視餐飲體驗的遊客。
預算方面，市區商務溫泉酒店每晚約2,500至4,000元台幣，而鄉間溫泉旅館含兩餐則約6,000至10,000元台幣。熊本機場距離南小國溫泉區約54公里，建議自駕或使用旅館提供的接駁服務；若選擇市區住宿，從JR熊本站搭乘電車或巴士即可抵達主要景點。多數溫泉酒店皆提供免費WiFi、私人停車場及非吸煙客房，部分設有餐廳、SPA及家庭房。特別推薦菊南溫泉優貝爾酒店（Kikunan Onsen Yubel Hotel），擁有花園與公共浴場，且提供免費停車，自駕旅客相當方便。