計畫在東京長期停留或需要更多生活空間的旅客，公寓式酒店提供配備齊全的廚房與洗衣設備，讓您像在地人一樣生活。無論是家庭旅遊、商務出差或自由行，這類住宿通常位於交通便利的區域，例如新宿、日本橋、上野與淺草附近，方便前往各景點。每晚預算大致落在日幣8,000至20,000之間，視房型與季節有所不同，部分公寓式酒店亦提供24小時櫃台與行李寄存服務。
推薦的住宿包括位於新宿的Hundred Stay Tokyo Shinjuku，鄰近JR新宿站，適合重視交通與購物便利的旅客；以及獲高評價的SOLA HOTEL，提供陽台、廚房與家庭房，適合親子入住。位於上野入谷的Minn Ueno Iriya，鄰近上野公園與東京國立博物館，房內設有洗衣機與廚房，並提供免費Wi-Fi，適合長住。Hotel Axas Nihonbashi距離水天宮前站僅2分鐘步行，廚房設備齊全，方便前往東京車站與皇居。此外，Apartment Hotel Shinjuku提供經濟型選擇，步行至新宿御苑僅需5分鐘。選擇公寓式酒店時，建議留意入住時間（部分前台非24小時），並確認是否需要額外收取清潔費。