神戶的溫泉住宿主要分布在兩大區域：北邊的有馬溫泉是日本三大古湯之一，擁有超過千年歷史的銀湯與金湯；而市區則有Dormy Inn等提供天然溫泉的都市型酒店，讓旅客不需遠行就能享受泡湯樂趣。有馬溫泉區的Arima Kirari與Arima Onsen Gekkoen Yugetsusanso均提供道地的溫泉體驗，後者更為成人限定，適合尋求靜謐氛圍的旅客。
預算方面，有馬溫泉區的傳統旅館含兩餐的價格約每人每晚15,000至30,000日圓，市區的溫泉酒店則從10,000日圓起跳。Kobe Bay Sheraton Hotel & Towers提供收費的天然溫泉大浴場，並有免費接駁車往返三宮站；ANA Crowne Plaza Kobe則設有室內游泳池與SPA中心。選擇住宿時可優先考慮位於三宮、元町或有馬溫泉區的酒店，交通便利性與溫泉品質並重。