箱根的溫泉旅館多集中於蘆之湖畔與強羅兩地，提供天然源泉與日式款待。預算方面，此類旅館一晚價格約從每位15,000日圓起，通常包含早晚餐、免費停車及全館WiFi。蘆之湖區的旅館以湖景見長，適合想欣賞富士山倒影的旅客；強羅則緊鄰登山電車站與箱根露天美術館，交通便利，適合搭配健行行程。入住前建議確認露天風呂是否為私人或公共使用，部分旅館提供免費接駁。
Hakone Hotel位於蘆之湖畔，擁有公共溫泉澡堂與法式餐廳Il Miraggio，客房設有沙發區與湖景，評分88。Hakone Ashinoko Hanaori距離箱根纜車桃源台站步行2分鐘，每間客房均可眺望湖或山景，部分附私人露天風呂，評分90，早餐獲得好評。Setsugetsuka距離強羅站僅1分鐘，從兩處源泉引入溫泉，提供公共與私人浴池，餐廳供應會席料理及涮涮鍋，評分86，適合追求便利與傳統體驗的旅客。